Стоматидин 0,1% розчин призначений тільки для місцевого застосування. Дорослі та діти старше 6 років: проводять полоскання порожнини рота або горла 10-15 мл розчину (1 столова ложка) протягом 30 с, повторюючи процедуру 2-3 рази на добу після їди. Розчин можна наносити на уражену поверхню тампоном.
Розчин не можна ковтати. Потрібно виплюнути розчин після полоскання. При захворюваннях порожнини рота у дорослих та дітей віком від 5 років слід полоскати порожнину рота нерозведеним розчином препарату в кількості 10-15 мл (1 столова ложка) протягом 30 сек.
грибкові інфекції порожнини рота та глотки, особливо кандидозний стоматит; до та після операцій у порожнині рота та глотки; додаткова гігієна ротової порожнини при загальних захворюваннях; усунення неприємного запаху з рота, особливо у разі пухлин порожнини рота і глотки, що руйнуються.